为了保证庞大的军事机器运转，只靠军户自备武器装备和提供封椿钱、调发军人屯田等是远远不够的。政府每年还要拿出大量钱钞，支付军官俸禄、怯薛岁币、赏赐军功以及边备与战争费用。政府为屯田军人提供牛具、种子，组织武器生产，赈济贫乏军人，抚恤死亡将士家属等，也要计入军费开支。军费开支一般占朝廷财政收入的／或／以上，是元朝政府的一个沉重经济负担。

为了保证军队的通信联络，元朝政府建立了完善的站赤（驿传）系统。驿站设置以大都为中心，通往全国各地。各站都备有马匹和粮食、肉食，备来往的信使使用。此外，还有急递铺，用来往返递送紧急军情公文。

军事法规

元代的军事法规，既保存了相当多的蒙古传统，又吸收了前代封建王朝的许多原则规定，形成一种混合的体制。军人的服役办法，军官的职责和奖惩，军队的纪律，以及军事法令的执行和监督，是军事法规的主要内容。军官的考核标准是“治军有法，守镇无虞，甲仗完备，差役均平，军无逃窜”；军官不许擅自离职，违者治罪。军队纪律分为群众纪律和战场纪律，有很多具体规定，如不得随意牧放牲畜践踏农田，作战时临阵逃脱处死，同在一个作战单位的人也要受罚，等等。军法的执行，原来由军队自身负责。忽必烈改革军政后，从中央到地方的监察机构对军官的不法行为也实行监督。士兵犯法，由所在军府核实情况后向上级机构申报处理意见，批准后方可实施处罚；如果事关民间百姓，还要与地方官府合审。由于军官享有种种特权，军事法规实际上不能严格实行。到了元朝中期，军律松弛，军纪涣散，已经成为普遍的现象。

明朝军制

军事指挥系统

明朝建立后，明太祖朱元璋及其继承者大力强化封建专制中央集权的统治。因此，进一步加强皇权对军权的控制，是明代军事指挥系统的一个显著特点。

明初仿照宋元的枢密院制度，在中央设大都督府作为最高军事机构，节制内外诸军，“凡天下将士兵马大数，荫授迁除与征讨进止机宜皆属之”。洪武十三年（），出于加强皇权的需要，明太祖下令改大都督府为中、左、右、前、后五军都督府，分领在京和在外各都司卫所。同时，又设立兵部，作为朝廷执政机构的六部之一。五府只管军籍和军旅之事，而人事、调遣和政令发布之权则移交兵部，“凡武职、世官、流官、士官袭替、优养、优给”，各府移文兵部请选，“都司卫所首领听吏部选授”。遇到战争，天子命将充总兵官，兵部签发“出兵之令”，调卫所军领之，“既旋则将上所佩印，官军各回卫所”。这样，明朝的军事就由五军都督府和兵部共同管辖，“兵部有出兵之令，而无统兵之权，五军有统兵之权，而无出兵之令。”两个机构“合之则呼吸相通，分之则犬牙相制”，便于皇帝的操纵和控制。但到永乐年间，五府实权“尽归之兵部，所谓五都督者，不过守空名与虚数而已”。明朝中后期，兵部尚书或侍郎有时可提督或协理京营戎政，直接掌握京营训练，五府官实际上变成了一种虚衔。

在地方，起初在各省府设立都卫，洪武八年（）改为都指挥使司。各都司设都指挥使人，作为地方的最高军事长官，掌一方之军政，各率其卫所隶于五府，同时听命于兵部。明初各省都指挥使与布政使、按察使“并称三司，为封疆大吏”，且品级、地位也比布、按官高，威权甚重。但在对内对外的战争中，明廷照例派都督府官或公、侯、伯出为总兵官，事后还任。“后因边境多事，遂留镇守”，临时派遣的总兵官变为定设的官员，形成了镇戍制。接着，在内地的军事要害地区也派总兵官镇守，独任一方之军务。都指挥使的地位因此日益下降，逐渐变成总兵官的下属。洪熙元年（），明廷为加强对武臣的控制，又派文臣“于各总兵官处整理文书，商榷机密，于是有参赞参谋军务，总督边储”。宣德（—）和景泰（—）以后，朝廷派往地方的巡抚和总督逐渐变为定设的官员。巡抚往往加有提督军务或赞理军务、参赞军务的名义，总督更拥有总督文武、自总兵巡抚而下皆听其节制的大权，不仅地方的都、布、按三司归其管辖，连总兵官亦须听其指挥了。